云南大学古生物研究院2016—2020年获得省级以上奖励和荣誉称号16项，其中教育部二等奖一项，云南省自然科学一等奖一项，1人入选青千，1人入选国家百千万人才，4项成果入选年度中国古生物学十大进展。

  1. 2020年   张喜光   教育部2019年度高校优秀成果奖（科学技术）二等奖

  2. 2019年   丛培允   国家百千万人才工程（同时授予有突出贡献中青年专家）

  3. 2019年   冯   卓   云南省万人计划“云岭学者”

  4. 2019年   毕顺东   中国古生物学十大进展

  5. 2018年   马晓娅   国际青年古生物学家奖（英国古生物学会）

  6. 2018年   冯   卓   云南省中青年学术和技术带头人

  7. 2018年   冯   卓   云南省政府特殊津贴

  8. 2018年   冯   卓   中国古生物学十大进展（中国古生物学会）

  9. 2018年   冯   卓   青年古生物学奖（中国古生物学会）

  10. 2017年 冯   卓   洪堡学者（德国洪堡基金会）

  11. 2017年 马晓娅  云南青年五四奖章

  12. 2017年 刘  煜   中国古生物学十大进展（中国古生物学会）

  13. 2017年 张喜光  中国古生物学十大进展（中国古生物学会）

  14. 2016年 马晓娅  云南省自然科学奖 一等奖

  15. 2016年 冯    卓  云南青年五四奖章